网站建设公司的管理归属问题是一个备受关注的话题。一般来说，网站建设公司主要受到多方面的管理和规范。

在工商行政管理方面，网站建设公司需在当地工商部门进行注册登记，领取营业执照。工商部门负责对公司的设立、变更、注销等进行管理，确保公司合法合规经营。公司要按照规定的经营范围开展网站建设相关业务，不得超范围经营。

同时，网站建设行业也受到相关行业主管部门的监管。如果涉及到特定领域的网站建设，比如医疗、教育等行业，会有相应的行业主管部门进行管理。例如，医疗行业网站建设要符合卫生健康部门的相关规定，确保网站内容准确、合法，不传播虚假医疗信息等。教育行业网站建设则要遵循教育部门的要求，保障教育资源的合法使用和传播。

网络安全部门对网站建设公司也有重要的监管职责。网站建设必须符合网络安全法规，保障用户信息安全。公司要采取必要的技术措施，防止用户数据泄露、被篡改等安全问题。在网站开发过程中，要遵循网络安全标准，进行安全检测和防护。

此外，通信管理部门也会对网站建设公司进行管理。网站上线运营需要进行备案，通信管理部门负责网站备案工作，确保网站的网络接入合法合规，以及网站内容符合相关通信管理规定。

从行业自律角度来看，网站建设相关的行业协会也发挥着一定作用。行业协会会制定一些行业规范和标准，引导会员单位规范经营。会员单位要遵守协会的章程和自律公约，提升行业整体形象和服务质量。

对于网站建设公司自身而言，要建立健全内部管理制度。包括质量控制制度，确保网站建设项目按时、按质量要求完成；客户服务制度，保障客户满意度；人员培训制度，提升员工专业技能等。

在知识产权保护方面，网站建设公司也要严格遵守相关法律法规。所建设的网站不能侵犯他人的知识产权，包括商标权、著作权等。公司在开发过程中要使用合法的素材和技术，避免引发知识产权纠纷。

总之，网站建设公司受到工商、行业主管、网络安全、通信管理等多部门的监管，同时要遵循行业自律规范和相关法律法规，只有这样，才能在合法合规的轨道上健康发展，为客户提供优质、安全、合法的网站建设服务。